IDS имеют много ограничений. Наиболее существенные следующие:
они плохо масштабируются на большие или распределенные сети предприятия;
они могут быть трудны в управлении, с неудобным интерфейсом управления и сообщениями о тревогах;
различные коммерческие IDS редко взаимодействуют друг с другом, если они созданы разными производителями;
на эффективности функционирования IDS существенно сказываются ошибочные оповещения о тревогах, так называемые ложные позитивности. На них может тратиться большое количество времени администратора и большое количество ресурсов;
они не могут компенсировать отсутствие в организации стратегии безопасности, политики или архитектуры безопасности;
они не могут компенсировать слабые места в сетевых протоколах;
они не могут заменить другие типы механизмов безопасности (такие как идентификацию и аутентификацию, шифрование, single sign on, firewall’ы или управление доступом);
они не могут использоваться в качестве единственного механизма, который полностью защищает систему от всех угроз безопасности.
IDS не могут выполнять следующие функции:
компенсировать слабые или отсутствующие механизмы безопасности в защищаемой инфраструктуре. Такие механизмы включают firewall’ы, идентификацию и аутентификацию, шифрование передаваемой информации, механизмы управления доступом и определение и удаление вирусов;
мгновенное определять атаки, создавать отчеты и ответы на атаку, когда существует сильно загруженная сеть или большая обработка;
определять новые атаки или варианты существующих атак;